Selon un communiqué du 3 juillet 2012, le Parlement européen a décidé de reporter le vote sur le brevet européen après que le Conseil ait décidé de modifier l'accord conclu précédemment avec les députés en supprimant des articles clés de la législation. Les députés ont qualifié ce changement de "rupture fondamentale" avec la procédure.
Lors du Conseil européen des 28 et 29 juin 2012, si la localisation du siège de la juridiction des brevets unitaires a été réglée, les chefs d'État et de gouvernement avaient suggéré que les articles 6 à 8 du projet de règlement sur la création du brevet unitaire soient supprimés.
Selon les trois députés ayant négocié l'accord avec le Conseil, la suppression de ces articles signifierait que la compétence de la Cour européenne de justice en cas de litige en matière de brevet serait considérablement réduite, en comparaison avec le texte approuvé en décembre.