La déduction de la TVA ne peut être refusée, en principe, pour des raisons d’irrégularités commises par l’émetteur de la facture, sauf si l’assujetti savait ou aurait dû savoir que l’opération invoquée pour fonder le droit à déduction était impliquée dans une fraude.

Le Baranya Megyei Bíróság et le Jász-Nagykun-Szolnok Megyei Bíróság (Hongrie) ont introduit des demandes de décision préjudicielle portant sur l’interprétation de la sixième directive 77/388/CEE du 17 mai 1977, telle que modifiée par la directive 2001/115/CE du 20 décembre 2001, et de la directive 2006/112/CE du 28 novembre 2006, relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée, dans le cadre de deux litiges relatifs au refus de l’administration fiscale d’admettre le droit de déduire la taxe sur la valeur ajoutée acquittée en amont sur des opérations considérées comme suspectes.

Dans un arrêt du 21 juin 2012, la Cour de justice de l'union européenne estime que "la déduction de la TVA ne peut être refusée, en principe, pour des raisons d’irrégularités commises par l’émetteur de la facture", sauf si "l’assujetti savait ou aurait dû savoir que l’opération invoquée pour fonder le droit à déduction était impliquée dans une fraude".

Elle précise que les directives doivent être interprétées en ce sens qu'elles "s’opposent à une pratique nationale en vertu de laquelle l’autorité fiscale refuse à un assujetti le droit de déduire du montant de la taxe sur la valeur ajoutée dont il est redevable le montant de la taxe due ou acquittée pour les services qui lui ont été fournis, au motif que l’émetteur de la facture afférente à ces services, ou l’un de ses prestataires, a commis des irrégularités, sans que cette autorité établisse, au vu d’éléments objectifs, que l’assujetti concerné savait ou aurait dû savoir que l’opération invoquée pour fonder le droit à déduction était impliquée dans une fraude commise par ledit émetteur ou un autre opérateur intervenant en amont dans la chaîne de prestations".

L’autorité fiscale ne peut pas refuser le droit à déduction au motif que l’assujetti ne s’est pas assuré que l’émetteur de la facture afférente aux biens au titre desquels l’exercice du droit à déduction est demandé avait la qualité d’assujetti, qu’il disposait des biens en cause et était en mesure de les livrer et qu’il avait rempli ses obligations de déclaration et de paiement de la taxe sur la valeur ajoutée, ou au motif que cet assujetti ne dispose pas, en plus de la facture, d’autres documents de nature à démontrer que ces circonstances sont réunies, bien que les conditions matérielles et formelles prévues par la directive 2006/112 pour l’exercice du droit à déduction soient réunies et que l’assujetti ne disposât pas d’indices justifiant de soupçonner l’existence d’irrégularités ou de fraude dans la sphère de l'émetteur.

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